Το Νοσοκομείο «ΠΑΜΜΑΚΑΡΙΣΤΟΣ» ιδρύθηκε στις 27 Μαϊου 1953 από την Ελληνική Καθολική Εξαρχία και την Ιερά Μονή της Παμμακάριστου Θεοτόκου με σκοπό τη νοσηλεία και την ανακούφιση των ασθενών.
Το έτος 1986 ,περιήλθε στη δύναμη των Νοσοκομείων του Εθνικού Συστήματος Υγείας.(Ε.Σ.Υ).
Το έτος 1991 το Νοσοκομείο ορίστηκε ως Νομαρχιακό Γενικό Νοσοκομείο και μετονομάστηκε με το ΦΕΚ 631/τ. Β/7-8-91, σε Νομαρχιακό Νοσοκομείο Αθήνας « Η ΠΑΜΜΑΚΑΡΙΣΤΟΣ».
Με τις διατάξεις του Ν.2889/01 (αρ.13.παρ.10) το Νοσοκομείο έχει υπαχθεί στο Α΄ΠΕΣΥΠ Αττικής και συνδέεται λειτουργικά με αυτό.
Το Νοσοκομείο, διοικήθηκε από Διοικητικό Συμβούλιο διοριζόμενο από τον ¨Έξαρχο των Ελλήνων Καθολικών Ελλάδος και σύμφωνα με τις διατάξεις του ιδίου Νόμου (Ν.2889/2001) διορίζεται και Διοικητής από το Υπουργείο Υγείας & Κοιν,Αλληλεγγύης.
Με την παρ.2 του αρθρου 12 του Ν.3329/05 ,το Νοσοκομείο εξαιρέθηκε από το υφιστάμενο καθεστώς του αρθρου 13 παρ.10 του Ν.2889/01 και ανήκει στην Διοίκηση της 1ης Υγειονομικής Περιφέρειας Αττικής.(ΦΕΚ 81/τ.Α/4-4-2005).
Μετά τις αποφάσεις της Ολομέλειας του ΣτΕ (αρ.1191 και 1192/2009) το καθεστώς του νοσοκομείου επανήλθε στις διατάξεις του αρθρου 13 παρ.10 του Ν.2889/2001.
Mε το Νόμο 4238, ΦΕΚ Α, 17.02.2013 , Άρθρο 43, υπεγράφη σύμβαση μεταξύ του Ελληνικού Δημοσίου (Υπουργείο Υγείας & Κοινωνικής Αλληλεγγύης) και της Ελληνικής Καθολικής Εξαρχίας και Ιεράς Μονής «Παμμακαρίστου Θεοτόκου».
Σύμφωνα με τη σύμβαση με ημερομηνία 13.11.2013 ,το Νοσοκομείο διοικείται από πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο. Τα τέσσερα μέλη εκ των οποίων ο Διοικητής – Πρόεδρος Δ.Σ , Αντιπρόεδρος Δ.Σ και δύο μέλη, ορίζονται πλέον από τον Υπουργό Υγείας και το ένα μέλος ορίζεται απ τον εκάστοτε Έξαρχο της Ελληνικής Καθολικής Εξαρχίας και τη Μονή Παμμακαρίστου Θεοτόκου.